原因尚不太清楚，有人认为是十二指肠分泌的激素（如胰泌素、胆囊收缩素等）与胃窦分泌的激素（胃泌素）之间不平衡所致。胃泌素分泌过多，而小肠分泌的上述激素明显减少时，幽门括约肌张力下降，十二指肠液易反流入胃。吸烟也可以影响幽门括约肌功能，引起反流。